Dall'arrivo della nuova diga nell'agosto 2002 e l'installazione concomitante del contro molo, che ora protegge il piano d'acqua del porto Hercule, sono stati intrapresi dei grossi lavori volti alla ristrutturazione completa dell'area portuale.

Questi lavori hanno avuto inizio nel 2004, nella zona dell'avamporto, con la creazione di un merlo centrale che permette, da Giugno 2008, l'accoglienza delle grandi navi da diporto di fronte al futuro yacht club (da 30 a 60 metri).
Nel 2005 e 2006, i vecchi moli d'ingresso del porto sono stati livellati e i due fari sono stati smontati. Queste opere verranno interamente rimodellate per accogliere degli edifici adibiti ad uffici, in particolar modo per la sede della SEPM, una stazione di servizio e un'area di carenaggio.
I due cassoni che formano la testata sono stati installati nel 2006.
Inoltre, sono stati realizzati degli importanti lavori di potenziamento della rete elettrica, al T centrale della piscina, sul terrapieno della diga, e sulla diga stessa. Ciò permette alle navi da diporto di non utilizzare più i propri generatori e quindi di contribuire alla riduzione dell'inquinamento.
I lavori di rafforzamento delle strutture dell'attuale piccolo porto petroli si sono conclusi nel 2007. I lavori di costruzione del nuovo Yacht Club, con un tempo di realizzazione stimato a 48 mesi, sono già iniziati.
In seguito, cominceranno le infrastrutture della darsena nord (nella metà del 2010) per creare una simmetria con la darsena sud, e ospiteranno dei locali commerciali. In concomitanza, sono stati intrapresi dei lavori di ristrutturazione e di allargamento della banchina degli Etats Unis.
In tal modo, a fine 2013, il porto Hercule, interamente rinnovato, diventerà uno dei gioielli del Mediterraneo occidentale.