Depuis l’arrivée de la nouvelle digue en août 2002 et la mise en place concomitamment, de la contre-jetée, qui protègent désormais le plan d’eau du port Hercule, des travaux d’envergure en vue de la restructuration complète du périmètre portuaire, ont été entrepris.

Ces travaux, ont débuté en 2004, dans la zone de l’avant port avec la création d’un merlon central qui permet, depuis Juin 2008, l’accueil des navires de grande plaisance face au futur yacht club (30 à 60 mètres).
En 2005 et 2006, les anciennes jetées d’entrée du port ont été arasées et les deux phares démontés. Ces ouvrages vont être entièrement remodelés pour accueillir des bâtiments à usage de bureaux, notamment pour le siège de la SEPM, une station service et une aire de carénage.

Les deux caissons formant le musoir ont été mis en place à l’été 2006.
Par ailleurs, d’importants travaux de renforcement de la puissance électrique ont été réalisés, au T central de la piscine, sur le terre plein de la digue, et la digue elle-même. Cela permet aux navires de grande plaisance de ne plus utiliser leurs générateurs et donc de contribuer à réduire la pollution.

Les travaux de renforcement des structures de l’actuel épi pétrolier ont été achevés en 2007. Les travaux de construction du nouveau Yacht Club sont entrepris avec un planning estimé à 48 mois.

Ensuite, les infrastructures de la darse nord vont commencer (mi 2010) pour former le pendant symétrique à la darse sud, et abriteront  des locaux commerciaux. Concomitamment, les travaux de restructuration et d'élargissement du quai des Etats Unis ont été entrepris.

Ainsi fin 2013, le port Hercule entièrement rénové deviendra l’un des joyaux de la Méditerranée occidentale.